Nel settembre del 1968, la Congregazione religiosa dei Figli di Maria Immacolata (Pavoniani) avvia a Lonigo (VI) l’Istituto “L. Pavoni”, un centro destinato in primo luogo ai propri studenti di scuola superiore in cammino verso la maturazione di un ideale di vita religioso-sacerdotale, ma anche aperto ai giovani del territorio ai quali viene offerta la possibilità di frequentare il Liceo classico, subito attivato insieme con le pratiche per il suo riconoscimento legale. Il D.M. del 29 maggio 1971 dà pieno riconoscimento ad un Istituto che andrà sempre più affermandosi come presenza significativa, portando sul territorio indirizzi di studio prima del tutto assenti.

Agli inizi degli anni ’70 al Liceo Classico si affianca un Liceo Scientifico pure legalmente riconosciuto e, rispondendo alle sollecitazioni delle stesse autorità locali, la scuola si apre alla frequenza anche di ragazze. Quando poi comincia a verificarsi il caso di qualche alunno che, per difficoltà incontrate in discipline caratterizzanti il proprio indirizzo di studio, chiede il passaggio all’altro tipo di scuola presente nell’Istituto, si pensa alla possibilità di studiare soluzioni nuove. Oltre tutto nel Distretto di Lonigo ed in tutto il Basso Vicentino non esisteva un Istituto Magistrale ed un Liceo linguistico e la popolazione locale, che ne sentiva la necessità, faceva pressione perché il nostro Istituto venisse incontro anche a questa esigenza. Già da allora, infine, si dava come imminente la riforma della scuola media superiore e nei vari convegni (Commissione Biasini a Frascati) se ne tracciavano le linee direttrici.

Dopo l’emanazione del D.P.R. 419/74, il nostro Istituto avviava decisamente la stagione delle “sperimentazioni” lasciando progressivamente esaurire i corsi di impostazione tradizionale.
Gli obiettivi che si proponeva erano, e restano, i seguenti:

Si è allora proposto al Ministero della P. I. un progetto di scuola liceale quinquennale, divisa in Biennio e Triennio, con quattro indirizzi di studio: Classico, Pedagogico, Scientifico, Linguistico. Il progetto veniva approvato e la sperimentazione, tecnicamente una “maxisperimentazione autonoma”, iniziava con l’anno scolastico 1974/75. Venivano attivati subito solo i primi tre indirizzi, con l’estensione della lingua straniera sino al quinto anno in tutti gli indirizzi, riservando l’attivazione dell’indirizzo linguistico a tempi futuri. Agli inizi degli anni ’90 i piani di studio, dietro sollecitazione del Ministero, cui ogni anno si chiedeva la rinnovata approvazione del progetto sperimentale, sono stati riscritti totalmente, modellandoli su quelli emanati dalla “Commissione Brocca”, pur conservando una certa impostazione autonoma ed un monte ore settimanale più contenuto. Successivamente maturavano le condizioni per inoltrare la richiesta di attivare anche l’indirizzo linguistico. A questo punto, però, invece di riprendere il progetto iniziale, ci si orientava verso il “Liceo Linguistico Europeo”, progetto nato nell’ambito della Direzione Generale per l’Istruzione Media non Statale dell’allora Ministero della P.I., convinti dell’opportunità di puntare su un corso di studio che, aprendosi alla dimensione europea, appariva fiduciosamente proiettato in avanti.
Si decideva quindi di richiedere l’avvio dell’indirizzo linguistico-moderno, previsto in tale progetto, ottenendo nel giugno 1993 il relativo decreto: con l’anno scolastico 1993-94 ne è partita la prima classe.
Dopo l’approvazione della Legge 10 marzo 2000, n.62, "Norme per la parità scolastica e disposizioni sul diritto allo studio e all'istruzione", si è inoltrata la prevista domanda e il Decreto Dirigenziale cumulativo del 29 dicembre 2000 ha inserito nel primo elenco delle Scuole Superiori riconosciute paritarie il Liceo - Ginnasio “L. Pavoni”, con decorrenza dal 1° settembre 2000.

A partire dal 2004 l’Istituto Pavoni ha sentito la necessità di allargare l’offerta formativa rivolgendosi anche a quei giovani che, più che dal lungo percorso degli studi liceali, erano attratti dalla possibilità di inserirsi in modo più rapido, ma con competenza, nel mondo del lavoro. In collaborazione con l’ente di formazione Dieffe S.c.a.r.l. di Padova è stato studiato un progetto per la realizzazione di un percorso di formazione professionale che rispondesse alle richieste di sviluppo del territorio. Dopo diverse riflessioni, l’interesse si è concentrato sul settore del turismo eno-gastronomico.
La finalità del progetto è stata quella di mettere a punto un percorso formativo capace di preparare delle figure professionali in grado di realizzare menù utilizzando i prodotti tipici eno-gastronomici del territorio. Nello stesso tempo, dovranno saper interpretare e soddisfare le esigenze della clientela, mostrando cura e attenzione a gesti semplici, come il servire a tavola, che danno la misura della qualità dell’accoglienza e dell’ospitalità, valori profondamente radicati nella cultura del popolo veneto e certamente fondamentali per il benessere dell’uomo .